Der ELER finanziert als Ko-Instrument den Wissenstransfer und Informationsmaßnahmen in der EU, Vertretungs-, Beratungs- und Betriebsführungsdienste, Qualitätsregelungen für Agrarerzeugnisse sowie Investitionen in materielles Vermögen. Auch nach Naturkatastrophen werden für den Wiederaufbau des geschädigten landwirtschaftlichen Produktionspotenzials ELER-Mittel genutzt. Sein Hauptaugenmerk liegt auf der Entwicklung der Betriebe im Agrar- und Forstwirtschaftssektor, welche die meisten Zuschüsse des ELER erhalten.